Navalis a commencé son parcours le 23 novembre 1942, lors de sa fondation sous le nom de Fonds de bienfaisance de la Marine royale canadienne (FBMRC). Son objectif était clair : fournir une aide financière immédiate aux membres de la Marine royale canadienne qui revenaient de la bataille de l'Atlantique. Dirigé par d'éminents officiers de marine, le Fonds a tiré son capital initial d'un solde non distribué provenant des primes de guerre de la Première Guerre mondiale, ainsi que de contributions provenant des cantines, des mess des officiers et de généreux amis des services navals.

À la fin de la Deuxième Guerre mondiale, les administrateurs ont reconnu que le soutien serait nécessaire longtemps après la démobilisation. Le 4 juillet 1945, le Fonds a été réorganisé sous le nom de Fonds fiduciaire de bienfaisance du Service naval canadien et a reçu une charte officielle en vertu de la Loi sur les compagnies du Dominion. Cela a permis d'assurer la pérennité de sa mission en temps de paix.

Lorsque les Forces canadiennes ont été unifiées le 1^er février 1968, un nouveau Fonds d'aide financière a été créé pour ceux qui s'étaient enrôlés après l'unification, tandis que le Fonds de bienfaisance continuait de soutenir le personnel ayant déjà servi dans la marine.

Au fil des décennies, notre mandat s'est progressivement élargi pour refléter l'évolution de la communauté navale canadienne :

• 1992−1993 — Les anciens combattants de la marine marchande et leurs personnes à charge deviennent admissibles à toutes les prestations.
• 1994 — Les petits-enfants des membres et des anciens combattants de la MRC deviennent admissibles à l'aide aux études.
• 1998−1999 — L'organisation étend l'admissibilité à tous les membres des forces navales et des Forces canadiennes qui ont servi au moins un an au sein du Commandement maritime.
• 2005 — Le personnel naval actif, y compris les réservistes à temps plein, a accès à une aide financière lorsque les autres ressources des Forces canadiennes sont épuisées. Le programme d'éducation est remplacé par un système de bourses plus souple.
• 2019 – Le Conseil d'administration entreprend un examen complet de la mission, de la vision, du mandat, des programmes et du financement de l'organisation.
• 2020 – Le Conseil d'administration déploie la Stratégie de renouvellement 2021-2024.
• 2021 – Le FBMRC embauche sa première directrice générale et fait passer le Conseil d'administration d'un modèle de travail à un modèle de gouvernance.
• 2023 – L'organisation procède à une évaluation complète des besoins et réorganise ses programmes.
• 2025 – L'organisation obtient le statut de fondation et fait l'objet d'une importante refonte de son image pour devenir la Fondation Navalis.